林清玄著作等身，曾是上個世紀80、90年代的心靈導師，但他一方面力宣佛法，卻又在與前妻還有婚姻關係的情況下外遇，離婚後數月就娶了新歡為妻，引發讀者唾棄，甚至有反應激烈的讀者燒書抗議，最後林清玄被迫淡出台灣，轉往大陸發展，開創另一片新藍海。

林清玄曾為文提及當年陪伴前妻度過罹患憂鬱症的過程，一次在過年前夕竟找不到前妻，他與兒子在空無一物的家裡找到兩包泡麵裹腹；另一篇文章則提到妻子病情嚴重，卻不肯吃藥，他展開溫情攻勢，表示「妳吞一顆藥，我就吞一顆藥」，妻子才肯吃藥，用情至深，感動許多人。

不過後來他與方淳珍交往，兩人有了愛的結晶，林清玄與前妻於1996年協議離婚，隔年再婚，竟引發婦女團體撻伐，更有婦女團體在林清玄教育文化基金會門口焚書抗議，稱他為「偽君子」。林清玄本身也因社會觀感不佳，逐漸淡出台灣，取消對外活動，近年多轉往大陸另起爐灶。

事發當時，林清玄元配的家屬無法接受，認為他的書寫充滿情義，寫的又多是談佛理的書，怎可做出如此「無情無義」的事。但也有知悉林清玄生活狀況的人表示，林總是描述修行的美好，對自己在婚姻生活承擔的苦全然不提，「也許他應該說些自己的苦衷，別人才能了解他人性的那一部分。」

林清玄在大陸成立林清玄教育文化基金會，由現任妻子方淳珍擔任執行長，開始在大陸做教育推廣工作，至今已經捐建許多希望小學包括延川小學，清淳小學等，希望發揚溫柔與愛。